Ora a meno che tu non abbia qualcosa di strano in Marlin i valori delle accelerazioni max si mettono da console o via g-code, poi si salva, quello che c'e' nel firmware sono i default.
Piuttosto quei valori dove li hai trovati?
In genere metti in squadro, tiri le viti, tiri le cinghie e poi fai un torre per vedere quali accelerazioni tira la tua macchina, poi input Shaping con quelle accelerazioni, poi riduci di un ~20%.