In genere il demone SSH ha SFTP abilitato, potrebbe essere che qualcosa sia disabilitato per utente root e funzioni solo con un utente di sistema oppure che l'utente usato per klipper non sia un vero e proprio utente con tutto abilitato, qualcuno dovrebbe essersi messo li' a modificare quelle impostazioni deliberatamente.
BTW: oltre che usare CIFS / Samba per condividere files su Windows si puoi' installare anche SSHFS: https://github.com/winfsp/sshfs-win, pero' che io sappia win -> linux fa casini a con le masks.