non ho capito benissimo quello che scrivi, però , a parte verificare la tensione di alimentazione e la vref del motore di estrusione, mi sembra sia raro che il problema di estrusione sia la scheda madre (a meno che la vref non sia regolabile per esempio....).
Di solito è più un problema meccanico di nozzle-estrusore-gola ostruiti... prova a dettagliare meglio il problema e quello che hai rilevato.